Першою письмовою згадкою про цю обитель є запис у Волинсько-Галицькому літописі: «У рік 6735 [1227]... Коли ж сидів Ярослав [Інгварович] у Луцьку, поїхав Данило в Жидичин поклонитися і помолитися святому Миколі. І звав його Ярослав до Луцька, і сказали йому бояри його: „Візьми Луцьк, схопи тут князя їх“. Але він, [Данило], відповів: „Я приходив сюди молитву вчинити святому Миколі і не можу сього вдіяти“. І пішов він у Володимир» (пер. Л. Махновця).

Археологічні ж знахідки – знаряддя праці, уламки керамічних виробів – доводять: Жидичин до приїзду сюди князя Данила Галицького пройшов тривалий і непростий шлях.

Багато таємниць зберіг курган Святий Дух. Це місце давньослов’янського городища. Поблизу знаходилось ремісниче поселення Скудельничі, жителі якого займались гончарством, виготовляли вироби на замовлення князівського двору. Це підтверджують численні знахідки під час археологічних обстежень. На денцях багатьох глиняних посудин можна побачити князівські знаки.

Саме тут і виник монастир (імовірно, попервах Святодухівський), появу якого жителі Жидичина пов’язують із такою легендою.

Якось прийшли у наш край Господні посланці, щоб поширити серед слов’ян світло віри Христової. З молитвами і щирим словом зверталися вони до лучан, обертали душі до Бога. Та дізнався про це князь-язичник, розгнівався на них і наказав забиратися геть.

Змучені й сумні, вони вирушили у дорогу. Йшли – і раптом побачили пагорб понад річкою. Вийшли нагору, поглянули на незрівнянну красу та й поснули, втомлені дорогою і тривогою.

До одного із них прийшов у сон святий Миколай.

– Не сумуй! – сказав Божий угодник.– Сміливіше закладай храм. Не зупиняйся ні перед чим. На оцій землі постане чернеча обитель і буде вона на Волині опорою істинної віри.

Уранці почула про віщий сон уся невелика христобратія. Окрилені несподіваним благословенням, не шкодуючи сил, працювали ченці, виростав чудовий храм. І наверталися серця до Бога, і приходили люди в нову церкву, щоб схилитись перед образом Миколая Чудотворця, і став він одним із найшанованіших у краї.

Завдяки турботам володарів, зокрема князя Луцького Миколи Святоші, силі віри простих мирян чернеча обитель обростала маєтками, багатшала, міцніла. Поряд із нею розвивалися промисли, йшла жвава торгівля. Усередині храм сяяв сріблом і позолотою.

У монастирі в ХVІ столітті зберігався «поминальник Федора Любартовича», луцького й володимирського князя (помер 1431 року). То була, мабуть, напрестольна книга, до якої вписувались дарчі грамоти покровителів.

У 1429-му в Луцьку відбувся з’їзд государів європейських держав. Частину його учасників приймав Жидичин.

1496 року на Волинь увірвалися кримські татари на чолі з синами хана Мендлі-Гирея і спалили монастир. У страшну годину згадали пани й князі давні звичаї предків-меценатів і відновили обитель.

Береже це місце пам’ять про церкву Святого Духа, яка стояла тут ще в ХVІІ столітті. Та забули про неї, бо недалеко виріс новий, кам’яний храм. Підмивав береги повноводий Стир, завалилася церква,  дзвони упали у річку. За повір’ям, перед великими релігійними святами можна почути, як вони гудуть, нагадуючи, що слід шанувати дім Божий.

Звідси дорога веде туди, де продовжувалось монастирське життя на новому місці, у будівлі міцнішій, за високими мурами.

Довгий час датою народження цієї святині вважався 1723 рік. Проте в церкві є підтвердження, що вона на початку ХVІІІ століття не будувалась, а відбудовувалась. У ній зберігається архітектурна деталь, так зване підкупольне яблуко, яке зняли під час капітального ремонту в 1982-му. На ньому два написи:

«Цей храм закладено львівським єпископом Гедеоном Балабаном у 1594 році.» 

«Цей храм закладено холмським єпископом Йосифом Левицьким у 1723 році.»

Отже, православний єпископ розпочав зводити цей храм, а уніатський – відбудував його.

Монастир міцнів, багатшав. У ньому активно розвивалося середньовічне підприємництво. Ченці та мешканці сіл у маєтках архімандрії займалися бортництвом, рибальством, добуванням смоли, деревного вугілля, залізної руди. Чималою матеріальною підмогою були «боброві гони» (полювання) по річці Стир та її притоках. Вигідне географічне розташування сприяло розвитку торгівлі та розгортанню ремісничого виробництва регіону.

Обширні володіння, природні багатства збирали сюди діловий люд. У ХVІ столітті тут започаткувалось проведення ярмарків, що відбувалися двічі на рік. На захист основ українського чернецтва, підкреслюючи їх головне призначення – молитовну підтримку всього живого на землі, письменник-полеміст Іван Вишенський у «Посланії до князя Острозького» різко засуджує проведення ярмарку поблизу визначного храму.

Складним періодом розвитку цієї духовної організації був кінець ХVІ – початок ХVІІ століть: Берестейська унія поставила жидичинську архімандрію в осереддя боротьби між уніатами і православними та між самими уніатами. Ці конфлікти спричиняли тогочасні головні церковні діячі – єпископи львівський Гедеон (Балабан) і луцький Кирило (Терлецький). Львівський архієрей призначив настоятелем архімандрії свого племінника Григорія-Гедеона і хотів її утримати за собою. Натомість владика Кирило був зацікавлений як у тому, щоби зберегти його за єпископією луцькою, так і управляти цим «золотим яблуком» (так називали в ті часи жидичинську обитель). Під час одного наїзду на монастир застосовувалась навіть артилерія, а отець Григорій-Гедеон п’ять днів перебував в облозі, ховаючись під куполом. Ці події знайшли відгук у публіцистичному творі «Апокрисис» польського вченого-дипломата Мартина Броневського, який писав під псевдонімом Христофор Філалет.

Неодноразово у XVII столітті, в часи воєнних дій, у цих стінах переховувалась чудотворна Холмська ікона Богородиці. Про це пише у книзі «Фенікс...» Яків (Суша), тогочасний уніатський єпископ Холмський і Белзький, архімандрит Жидичинського монастиря.

Владика Йосиф (Левицький) розгорнув у Жидичині велике будівництво. Поруч із церквою постав палац митрополитів, будинок семінарії, келії, господарські приміщення, два флігелі, а весь комплекс оточено високим муром. Усе це належало василіанському орденові Греко-Католицької Церкви. Тут відбувались навіть генеральні капітули (з’їзди) цієї чернечої організації. Василіани розвинули садівництво і городництво, дбали про розвиток освіти, вели хроніки.

Після третього поділу Польщі (1795-й) Волинь дісталася Російській імперії, яка поставила за мету зменшити польські впливи на цій землі. Це призвело до закриття Жидичинського монастиря царським указом 1826 року (василіани були златинізованим і сполонізованим орденом). Проте об’єднання Уніатської Церкви з Російським Православ’ям продовжило життя обителі до початку 1840-х років, хоч архімандрію скасували.

Минали віки, а духовне значення жидичинської чернечої твердині не втрачалось. Не раз поставав із руїн ще один невеликий храм – домова церква у палаці митрополита. Цей палац – складова частина архітектурного ансамблю Свято-Миколаївського монастиря і давня резиденція вищих духовних ієрархів різних конфесій. Після ліквідації обителі він пережив запустіння і стояв напіврозвалений, але 1894 року над ним узяв опіку архієпископ Житомирський і Волинський Модест. Він вирішив одновити будинок і повернути йому початкове призначення. Так палац постав у новій красі, а через чотири роки в ньому було освячено домовий храм на честь віленських мучеників Антонія, Йоана і Євстафія.

1914 року в будівлі розміщався штаб 11-го Ізюмського полку імператора Генріха Пруського.

Після Першої світової війни споруда стала сиротинцем – єдиним опікунським закладом на Волині, у якому викладання велось українською.

У 1936-му це – резиденція видатного діяча Православної Церкви митрополита Полікарпа (Сікорського), під керівництвом якого в Жидичині працювала комісія з перекладу Святого Письма на українську мову.

У часи Другої світової війни тут розміщався притулок для сиріт, який утримували місцеві жителі, а з 1947 року діяла сільська школа. Після того як у 1990-му вона перейшла в нове приміщення, палац митрополитів – пам’ятка архітектури національного значення –знову пережив руйнацію.

23 липня 2003 року ухвалою Священного Синоду Київського Патріархату діяльність Жидичинського Свято-Миколаївського монастиря відновлено. Його першим насельником і намісником став ієромонах Марк (Левків), випускник Волинської духовної семінарії. 

Знову цей дім наповнився щирими молитвами. Зростає кількість ченців, усе більше приходить сюди місцевих вірян, частішають і відвідини прочан. Освячено домовий храм на честь преподобного Миколи Святоші, князя Луцького. У ньому серед святих образів – ікона вифлеємських младенців-мучеників, аналогів якій немає у світі.

24 листопада 2005 року братія монастиря вперше відправила новий – і взагалі перший україномовний римований – акафіст Богородиці Холмській (одне з чудес від цієї реліквії сталося поруч і описано в акафісті).

Триває реставрація давньої обителі; на її території зведено хлібню. На кургані Святий Дух, де спершу насельники встановили пам’ятний знак, у 2011-му споруджено Свято-Духівський скит (Патріарх Київський і всієї Руси-України Філарет провів там зустріч зі всіма ченцями й черницями нашої єпархії). Того ж року ще один скит – на честь чудотворної ікони Божої Матері «Живоносне джерело» – закладено між селами Жидичин і Липляни (поблизу джерел, які чорноризці взяли під опіку), освячено місце будівництва Воскресенського собору.

В монастирі діє недільна школа, культурологічна світлиця, просвітницько-видавничий центр Преподобного Миколи Святоші (друкує чернечу літературу, проводить щорічні наукові Миколаївські читання), бібліотека з доступом для мирян. Монастир присутній у всесвітній мережі: має сайт «Чернецтво Волині», офіційний інтернет-канал «Студія Прп. Миколи Святоші».

Намісник Жидичинської обителі – декан монастирів нашої єпархії ігумен Константин (Марченко). Архімандритом є митрополит Луцький і Волинський Михаїл (Зінкевич).